Klub z  Rypina został założony w 1922 roku, kiedy to powołano drużynę Amatorów Piłki Nożnej.

Największymi sukcesami Lecha są występy w III lidze w latach 1997-1998 i od 2008 do teraz. Drużyna ponadto zdobyła dwa razy Puchar Polski na szczeblu Kujawsko-Pomorskiego ZPN.

W ostatnim sezonie Lech był bardzo bliski awansu do II ligi. Zajął drugie miejsce w tabeli tracąc do pierwszej Calisi Kalisz tylko 2 punkty. Warto dodać że zespół z Rypina był najbardziej bramkostrzelną drużyną w sezonie, a do bramki rywali trafiał  61 razy. Swoją pozycję w tabeli może zawdzięczyć dobrej grze na własnym boisku, na którym zwyciężał 12 razy, raz zremisował i dwa razy przegrał. Na wyjeździe było już nieco gorzej gdyż Lech wygrał pięć spotkań, sześć zremisował i cztery przegrał.

Po sezonie klub pożegnał się z trenerem Zbigniewem Kieżuną, a na jego miejsce zatrudnił Sławomira Słuchomskiego. Prowadził on mi. Chojniczankę Chojnice oraz Tur Turek.

Najlepszym strzelcem Lecha jest Paweł Pieceluk (17 goli) który wraz z Błażejem Ciesielskim z Calisi Kalisz zdobył koronę króla strzelców III ligi. Pozostałe bramki dla rypinian strzelali:
8 - Jakub Feter
4 - Piotr Buchalski, Bartosz Dobroński, Paweł Komorowski, Paweł Kukowski
3 - Marcin Baranowski, Ernest Konon
2 - Dariusz Koprowski, Piotr Sarbinowski
1 - Mateusz Ewert, Wojciech Figurski, Przemysław Goc, Piotr Kulpaka, Paweł Lewandowski, Szymon Moszczyński, Radosław Simson, Kamil Tomczyk

Pozycje w tabeli Lecha w ostatnich pięciu sezonach:
2010/2011 – III liga – 2. miejsce
2009/2010 – III liga – 6. miejsce
2008/2009 – III liga – 4 miejsce
2007/2008 – IV liga – 5. miejsce
2006/2007 – IV liga – 5. miejsce

W swej ponad 90-letniej historii Polonia Środa nigdy nie spotkała się z drużyną Lecha Rypin w rozgrywkach ligowych. Tak wiec w sezonie 2011/2012 nadarzy się pierwsza okazja do potyczek z tym klubem.